Kerajaan (biologi)

Dalam biologi, kerajaan (bahasa Inggris: kingdom; bahasa Latin: regnum, jamak: regna) adalah peringkat taksonomi teratas nomor dua di bawah domain. Kerajaan dibagi menjadi kelompok-kelompok lebih kecil yang disebut filum. Secara tradisional, beberapa buku teks di Amerika Serikat dan Kanada menggunakan sistem enam kerajaan (Animalia, Plantae, Fungi, Protista, Archaea, dan Bacteria) sementara buku teks di negara-negara seperti Inggris, India, Brasil, dan lainnya memakai sistem lima kerajaan (Animalia, Plantae, Fungi, Protista, dan Monera). Beberapa klasifikasi terkini yang didasarkan pada kladistika modern secara eksplisit telah meninggalkan istilah "kerajaan" karena kerajaan tradisional tidak bersifat monofili, yaitu tidak terdiri dari semua keturunan dari satu nenek moyang bersama.

Hierarki klasifikasi biologi makhluk hidup.

Sejarah

Pada awalnya, hanya ada dua kingdom: Animalia untuk hewan dan Vegetabilia untuk tumbuhan. Ketika makhluk hidup bersel satu ditemukan, temuan baru ini dipecah ke dalam dua kingdom: yang dapat bergerak ke dalam filum Protozoa, sementara alga dan bakteri ke dalam divisi Thallophyta atau Protophyta. Namun ada beberapa makhluk yang dimasukkan ke dalam filum dan divisi, seperti alga yang dapat bergerak, Euglena, dan jamur lendir yang mirip ameba. Karena adanya kebingungan ini, Ernst Haeckel menyarankan adanya kingdom ketiga, yaitu Protista untuk menampung makhluk hidup yang tidak memiliki ciri klasifikasi yang jelas. Kingdom ketiga ini baru populer belakangan ini (kadang dengan sebutan Protoctista).

Kini, standar Amerika menggunakan sistem enam kingdom

Berikut ini sejarah perkembangan sistem klasifikasi biologi:

Linnaeus 1735	Haeckel 1866	Chatton 1925	Copeland 1938	Whittaker 1969	Woese et al. 1990	Cavalier-Smith 1998	Cavalier-Smith 2015
2 kerajaan	3 kerajaan	2 imperium	4 kerajaan	5 kerajaan	3 domain	2 imperium, 6 kerajaan	2 imperium, 7 kerajaan
(belum dikenal)	Protista	Prokaryota	Monera	Monera	Bacteria	Bacteria	Bacteria
					Archaea		Archaea
		Eukaryota	Protoctista	Protista	Eucarya	Protozoa	Protozoa
						Chromista	Chromista
Vegetabilia	Plantae		Plantae	Plantae		Plantae	Plantae
				Fungi		Fungi	Fungi
Animalia	Animalia		Animalia	Animalia		Animalia	Animalia

Sistem dua kerajaan

Klasifikasi makhluk hidup menjadi hewan dan tumbuhan adalah klasifikasi paling kuno. Aristoteles (384 SM – 322 SM) mengelompokkan hewan dalam bukunya Sejarah Hewan, dan muridnya Theophrastus (sekitar 371 – sekitar 287 SM) secara bersamaan menulis tentang klasifikasi tumbuhan (Sejarah Tumbuhan).

Carolus Linnaeus (1707 – 1778) meletakkan dasar nomenclature biologi modern, yang sekarang distandarisasi dalam Nomenclature Codes. Dia mengklasifikasi makhluk hidup menjadi dua kingdom: Regnum Animale ('kingdom hewan') untuk hewan dan Regnum Vegetabile ('kingdom tumbuhan') untuk tumbuhan. (Linnaeus juga memasukkan included mineral, menjadikannya kingdom ketiga, Regnum Lapideum.) Linnaeus membagi setiap kingdom menjadi beberapa kelompok yang bernama phyla untuk hewan dan divisi untuk tumbuhan.

	Makhluk hidup    Regnum Vegetabile (Kerajaan tumbuhan)     Regnum Animalia (Kerajaan hewan)

Sistem tiga kerajaan

Sistem tiga kingdom: plantae, protista, animalia.

Pada tahun 1674, Antonie van Leeuwenhoek, yaitu "bapak mikroskopi", mengirim kopi dari pengamatan perdananya tentang organisme mikroskopik bersel tunggal kepada Royal Society di London. Hingga saat ini, keberadaan organisme mikroskopik tersebut tidak diketahui. Pada awalnya organisme-organisme ini diklasifikasikan menjadi hewan dan tumbuhan. Lalu, di pertengahan tahun 1800-an dikotomi kingdom tumbuhan dan hewan semakin buram batasannya dan ketinggalan zaman". Pada tahun 1866, setelah proposal yang diajukan Richard Owen dan John Hogg, Ernst Haeckel mengajukan kingdom ketiga. Haeckel merevisi kandungan kingdom ini berkali-kali sebelum akhirnya memutuskan dasar klasifikasinya, yaitu apakah bersel tunggal (Protista) atau bersel banyak (hewan dan tumbuhan).

	Makhluk hidup    Kingdom Protista (Bersel tunggal)     Kingdom Plantae (Tumbuhan)     Kingdom Animalia (Hewan)

Sistem empat kerajaan

Perkembangan dunia mikroskopi dan khususnya mikroskop elektron, membuat para ilmuwan mengenali perbedaan penting antara prokaryote (organisme bersel satu yang tidak punya inti sel) dan eukaryote (organisme bersel satu ataupun bersel banyak yang punya inti sel). Pada tahun 1938, Herbert F. Copeland mengusulkan klasifikasi empat kingdom, yang memindah dua prokaryote, bacteria dan "algae biru-hijau", ke dalam Kingdom Monera.

	Makhluk hidup    Kingdom Monera (Prokaryote, organisme bersel satu tanpa inti sel) contoh bakteria dan algae biru-hijau     Kingdom Protista (Eukaryote, organisme bersel satu dengan inti sel)     Kingdom Plantae (Tumbuhan)     Kingdom Animalia (Hewan)

Lalu perlahan-lahan semakin tampak pentingnya membedakan prokaryote dan eukaryote, sehingga Stanier dan van Niel memopulerkan proposal dari Édouard Chatton pada tahun 1960-an untuk mengenalinya ke dalam klasifikasi formal. Sehingga dibuatlah tingkat di atas kingdom, yaitu superkingdom atau empire.

Makhluk hidup	Empire Prokaryota    Kingdom Monera     Empire Eukaryota    Kingdom Protista     Kingdom Plantae     Kingdom Animalia

Sistem lima kerajaan

Perbedaan antara fungi dan organisme lain tumbuhan semakin mencolok. Di satu sisi Haeckel pernah memindah fungi ke dalam Protista. Robert Whittaker menambahkan fungi sebagai kingdom tambahan. Sistem lima kingdom diusulkan pada tahun 1969, dan modifikasinya masih digunakan di sebagian kecil publikasi saat ini. Perbedaannya adalah di nutrisi; Plantae autotrof bersel banyak, Animalia heterotrof bersel banyak, dan Fungi adalah saprotrof bersel banyak. Dua kingdom sisanya, Protista dan Monera, meliputi koloni bersel sederhana dan bersel satu. Sistem lima kingdom dapat dikombinasikan dengan sistem dua empire.

	Makhluk hidup    Empire Prokaryota    Kingdom Monera         Empire Eukaryota    Kingdom Protista     Kingdom Plantae     Kingdom Fungi     Kingdom Animalia

Sistem enam kerajaan

Pohon phylogenetic berdasarkan data rRNA menampilkan sistem tiga-domain

Sejak pertengahan 1970-an, semakin banyak riset di bidang komparasi gen pada level molekular (dimulai dengan gen ribosomal RNA) sebagai faktor utama dalam klasifikasi; kemiripan genetik ditekankan terhadap penampilan luar dan perilaku. Tingakatan taksonomi, termasuk kingdom, adalah kelompok organisme dengan nenek moyang yang sama, baik monofilik (semua keturunan dari satu nenek moyang yang sama) atau parafilik (hanya beberapa keturunan dari satu nenek moyang yang sama). Berdasarkan studi RNA, Carl Woese membagi prokaryote (Kingdom Monera) menjadi dua kelompok, yaitu Eubacteria dan Archaebacteria, karena ada banyak perbedaan genetik antara dua kelompok ini. Eukaryote , seperti tumbuhan, fungi dan hewan mungkin tampak serupa, tetapi mirip dalam genetiknya di tingkatan molekular dibandingkan Eubacteria atau Archaebacteria. (Ditemukan juga bahwa eukaryote lebih dekat secara genetik dengan Archaebacteria daripada dengan Eubacteria.) Woese menciptakan sistem "tiga kingdom utama" atau "urkingdom". In 1990, the name "domain" was proposed for the highest rank. Sistem enam kingdom ini adalah hasil pencampuran sistem lima kingdom dan sistem tiga domain dari Woese.

	Makhluk hidup    Domain Bacteria    Kingdom Bacteria         Domain Archaea    Kingdom Archaea         Domain Eukarya    Kingdom Protoctista or Protista     Kingdom Plantae     Kingdom Fungi     Kingdom Animalia

Sistem enam kerajaan Cavalier-Smith

Thomas Cavalier-Smith memiliki banyak publikasi di bidang evolusi dan klasifikasi kehidupan, khususnya protista. Pandangannya influensial tetapi kontroversial, dan tidak selalu diterima umum. Pada tahun 1998, dia mempublikasikan model enam kingdom, yang lalu terus direvisi di publikasi-publikasi berikutnya. Berikut ini adalah versi yang dipublikasi pada tahun 2004. Cavalier-Smith tidak terima dengan pentingnya pembagian eubacteria–archaebacteria oleh Woese. Kingdom Bacteria versinya meliputi Archaebacteria sebagai bagian dari subkingdom bersama dengan eubacteria (Posibacteria).

Makhluk hidup    Empire Prokaryota    Kingdom Bacteria — meliputi Archaebacteria sebagai bagian dari sebuah subkingdom         Empire Eukaryota    Kingdom Protozoa — e.g. Amoebozoa, Choanozoa, Excavata     Kingdom Chromista — e.g. Alveolata, cryptophytes, Heterokonta (stramenopiles), Haptophyta, Rhizaria     Kingdom Plantae — e.g. Glaucophytes, red and Alga hijau, Tumbuhan darat     Kingdom Fungi     Kingdom Animalia

Rujukan

Templat:Daftar rujukan

1. Linnaeus, C. (1735). Systemae Naturae, sive regna tria naturae, systematics proposita per classes, ordines, genera & species. 
2. Haeckel, E. (1866). Generelle Morphologie der Organismen. Reimer, Berlin. 
3. Chatton, É. (1925). "Pansporella perplexa. Réflexions sur la biologie et la phylogénie des protozoaires". Annales des Sciences Naturelles - Zoologie et Biologie Animale. 10-VII: 1–84. 
4. Copeland, H. (1938). "The kingdoms of organisms". Quarterly Review of Biology. 13: 383–420. doi:10.1086/394568. 
5. Whittaker, R. H. (January 1969). "New concepts of kingdoms of organisms". Science. 163 (3863): 150–60. Bibcode:1969Sci...163..150W. doi:10.1126/science.163.3863.150. PMID 5762760.  Kesalahan pengutipan: Tanda <ref> tidak sah; nama "Whittaker1969" didefinisikan berulang dengan isi berbeda
6. Woese, C.; Kandler, O.; Wheelis, M. (1990). "Towards a natural system of organisms: proposal for the domains Archaea, Bacteria, and Eucarya". Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 87 (12): 4576–9. Bibcode:1990PNAS...87.4576W. doi:10.1073/pnas.87.12.4576. PMC 54159 . PMID 2112744. 
7. Cavalier-Smith, T. (1998). "A revised six-kingdom system of life". Biological Reviews. 73 (03): 203–66. doi:10.1111/j.1469-185X.1998.tb00030.x. PMID 9809012. 
8. Ruggiero, Michael A.; Gordon, Dennis P.; Orrell, Thomas M.; Bailly, Nicolas; Bourgoin, Thierry; Brusca, Richard C.; Cavalier-Smith, Thomas; Guiry, Michael D.; Kirk, Paul M.; Thuesen, Erik V. (2015). "A higher level classification of all living organisms". PLOS ONE. 10 (4): e0119248. Bibcode:2015PLoSO..1019248R. doi:10.1371/journal.pone.0119248. PMC 4418965 . PMID 25923521. 
9. Singer, Charles J. (1931), A short history of biology, a general introduction to the study of living things, Oxford: Clarendon Press, OCLC 1197036 
10. Scamardella, Joseph M. (1999), "Not plants or animals: a brief history of the origin of Kingdoms Protozoa, Protista and Protoctista", International Microbiology, 2 (4): 207–16, PMID 10943416 
11. Stanier, R.Y. & Van Neil, C.B. (1962), "The concept of a bacterium", Archiv Für Mikrobiologie, 42: 17–35, doi:10.1007/BF00425185, PMID 13916221 
12. Balch, W.E.; Magrum, L.J.; Fox, G.E.; Wolfe, C.R. (1977), "An ancient divergence among the bacteria", J. Mol. Evol., 9 (4): 305–11, doi:10.1007/BF01796092, PMID 408502  Parameter |month= yang tidak diketahui akan diabaikan (bantuan); Parameter |coauthors= yang tidak diketahui mengabaikan (|author= yang disarankan) (bantuan)
13. Woese, C.R.; Kandler, O. & Wheelis, M. (1990), "Towards a natural system of organisms: proposal for the domains Archaea, Bacteria, and Eucarya", Proc Natl Acad Sci U S A, 87 (12): 4576–9, doi:10.1073/pnas.87.12.4576, PMC 54159 , PMID 2112744 
14. Palaeos.com, , diarsipkan dari versi asli tanggal 2010-12-20, diakses tanggal 2010-04-29 
15. Cavalier-Smith, T. (1998), "A revised six-kingdom system of life", Biological Reviews, 73 (03): 203–66, doi:10.1017/S0006323198005167 
16. Cavalier-Smith, T. (2004), "Only six kingdoms of life" (PDF), Proc. R. Soc. Lond. B, 271 (1545): 1251–62, doi:10.1098/rspb.2004.2705, PMC 1691724 , PMID 15306349, diakses tanggal 2010-04-29