Lembaga tinggi negara adalah institusi-institusi negara yang secara langsung diatur atau memiliki kewenangan yang diberikan oleh UUD 1945. Sebelum amendemen UUD 1945, disebut lembaga tinggi negara dan hanya terdiri atas:
- Majelis Permusyawaratan Rakyat Republik Indonesia (MPR RI),
- Dewan Perwakilan Rakyat Republik Indonesia (DPR RI),
- Lembaga Kepresidenan (Presiden dan Wakil Presiden Republik Indonesia),
- Mahkamah Agung Republik Indonesia (MA-RI),
- Dewan Pertimbangan Agung Republik Indonesia (DPA-RI), dan
- Badan Pemeriksa Keuangan Republik Indonesia (BPK-RI).
Setelah amendemen UUD 1945, disebut lembaga negara dan terdiri atas:
- Majelis Permusyawaratan Rakyat Republik Indonesia (MPR)
- Dewan Perwakilan Rakyat Republik Indonesia (DPR)
- Dewan Perwakilan Daerah Republik Indonesia (DPD)
- Lembaga Kepresidenan (Presiden dan Wakil Presiden Republik Indonesia),
- Mahkamah Agung Republik Indonesia (MA)
- Mahkamah Konstitusi Republik Indonesia (MK), dan
- Badan Pemeriksa Keuangan Republik Indonesia (BPK)
- Komisi Yudisial Republik Indonesia (KY)
Pembubaran Dewan Pertimbangan Agung dikarenakan tidak efisiennya lembaga tinggi negara ini. DPA tidak memiliki kewenangan hukum atau politik dan hanya dapat memberikan saran kepada lembaga-lembaga tinggi negara lainnya. DPA juga sering dihumorkan dengan istilah "Dewan Pensiun Agung" karena keanggotaanya terdiri dari pensiunan-pensiunan pejabat.
Sesuai dengan makna reformasi 1998, dan untuk menguatkan demokrasi, rakyat Indonesia menyadari pentingnya makna judicial review atau "hak pengkajian hukum oleh para ahli (hakim)" dan mempertimbangkan apakah tidaknya sebuah hukum bertentangan dengan undang-undang dasar/konstitusi negara.
Untuk menyuarakan kepentingan daerah-daerah/provinsi di Indonesia, dan sesuai dengan semangat reformasi 1998 mendirikan lembaga tinggi negara di bidang legislatif yang bernama Dewan Perwakilan Daerah (DPD). Lembaga ini berfungsi sebagai lembaga legislatif bikameral atau dua kamar di dalam legislatif. Kedudukannya DPD mirip dengan Senat Amerika Serikat karena mewakili aspirasi politik daerah-daerah. Perbedaan relatifnya Senat di Amerika Serikat lebih berkuasa daripada senat di Indonesia. Kekuasaan Senat di Amerika Serikat mirip dengan kekuasaan Dewan Perwakilan Rakyat.
Majelis Permusyawaratan Rakyat
Majelis Permusyawaratan Rakyat (disingkat MPR) adalah lembaga legislatif bikameral yang merupakan salah satu lembaga tinggi negara dalam sistem ketatanegaraan Indonesia. Sebelum reformasi, MPR merupakan lembaga tertinggi negara yang menjalankan kedaulatan rakyat Indonesia. MPR dianggap sebagai penjelmaan seluruh rakyat Indonesia karena terdiri atas seluruh anggota DPR, Utusan Daerah, dan Utusan Golongan.
Setelah reformasi tiba, MPR bukan lagi lembaga tertinggi negara karena MPR sendiri telah melepas kewenangan yang ada pada dirinya dengan melakukan amendemen terhadap UUD 1945. MPR saat ini terdiri atas seluruh anggota DPR dan seluruh anggota DPD. MPR bersidang sedikitnya sekali dalam lima tahun di ibu kota negara
Dewan Perwakilan Daerah
Dewan Perwakilan Daerah (disingkat DPD) adalah lembaga tinggi negara dalam sistem ketatanegaraan Indonesia yang anggotanya merupakan perwakilan dari setiap provinsi yang dipilih melalui Pemilihan Umum. Dewan Perwakilan Daerah (DPD) lahir pada tanggal 1 Oktober 2004, ketika 128 anggota DPD yang terpilih untuk pertama kalinya dilantik dan diambil sumpahnya. Anggota DPD juga merupakan anggota MPR.
Dewan Perwakilan Rakyat
Dewan Perwakilan Rakyat Republik Indonesia atau sering disebut Dewan Perwakilan Rakyat (disingkat DPR-RI atau DPR) adalah salah satu lembaga tinggi negara dalam sistem ketatanegaraan Indonesia yang merupakan lembaga perwakilan rakyat. DPR terdiri atas anggota partai politik peserta pemilihan umum yang dipilih melalui pemilihan umum.
Presiden dan Wakil Presiden
Presiden Indonesia (nama jabatan resmi: Presiden Republik Indonesia) adalah kepala negara sekaligus kepala pemerintahan Indonesia. Sebagai kepala negara, Presiden adalah simbol resmi negara Indonesia di dunia. Sebagai kepala pemerintahan, Presiden dibantu oleh wakil presiden dan menteri-menteri dalam kabinet, memegang kekuasaan eksekutif untuk melaksanakan tugas-tugas pemerintah sehari-hari. Presiden (dan Wakil Presiden) menjabat selama 5 tahun, dan sesudahnya dapat dipilih kembali dalam jabatan yang sama untuk satu kali masa jabatan.
Mahkamah Agung
Mahkamah Agung (disingkat MA) adalah lembaga tinggi negara dalam sistem ketatanegaraan Indonesia yang merupakan pemegang kekuasaan kehakiman bersama-sama dengan Mahkamah Konstitusi dan bebas dari pengaruh cabang-cabang kekuasaan lainnya. Mahkamah Agung membawahi badan peradilan dalam lingkungan peradilan umum, lingkungan peradilan agama, lingkungan peradilan militer, lingkungan peradilan tata usaha negara.
Mahkamah Konstitusi
Mahkamah Konstitusi (disingkat MK) adalah lembaga tinggi negara dalam sistem ketatanegaraan Indonesia yang merupakan pemegang kekuasaan kehakiman bersama-sama dengan Mahkamah Agung.
Badan Pemeriksa Keuangan
Badan Pemeriksa Keuangan (disingkat BPK) adalah lembaga tinggi negara dalam sistem ketatanegaraan Indonesia yang memiliki wewenang memeriksa pengelolaan dan tanggung jawab keuangan negara. Menurut UUD 1945, BPK merupakan lembaga yang bebas dan mandiri.
Komisi Yudisial
Melalui Amendemen Ketiga Undang–Undang Dasar Negara Republik Indonesia Tahun 1945 pada tahun 2001 disepakati tentang pembentukan Komisi Yudisial. Ketentuan mengenai Komisi Yudisial diatur dalam Pasal 24B Undang-Undang Dasar Negara Republik Indonesia Tahun 1945. Maksud dasar yang menjadi semangat pembentukan Komisi Yudisial disandarkan pada keprihatinan mendalam mengenai kondisi wajah peradilan yang muram dan keadilan di Indonesia yang tak kunjung tegak.