PFGE

Pulsed Field Gel Electrophoresis (PFGE) adalah metode yang digunakan untuk memisahkan DNA yang berukuran besar. Metode ini pertama kali diperkenalkan pada tahun 1984 oleh Schwartz dan Cantor. Metode PFGE ini berbeda dengan elektroforesis agarosa konvensional karena orientasi dari medan elektrik memiliki periode dengan teratur. Keberagaman medan listrik inilah yang menyebabkan DNA yang berukuran besar dapat terpisah.

Ilmuwan sedang melakukan PFGE

Prinsip

Prinsip dari PFGE ini adalah dengan adanya pergantian voltase di setiap elektrode tersebut, maka DNA yang berukuran besar dapat terpisah dimana fragmen DNA yang berukuran kecil akan berjalan terlebih dahulu karena memiliki waktu orientasi yang lebih sedikit dibandingkan dengan fragmen DNA yang berukuran besar yang membutuhkan waktu orientasi yang lebih lama.

Aplikasi

Teknik PFGE ini dapat digunakan untuk menganalisis kekerabatan di antara galur bakteri yang berbeda namun masih dalam satu spesies dan menjadi metode yang sangat efektif dalam mengestimasi ukuran genom serta mengkonstruksi peta restriksi dari suatu spesies.

Referensi

1. (Inggris) Schwartz DC, Cantor CR. (1984. Separation of yeast chromosome-sized DNAs by pulsed field gradient gel electrophoresis. Cell 37:67-75.
2. (Inggris) White HW. 1992. Rapid separation of DNA molecules by agarose gel electrophoresis: use of a new agarose matrix and a survey of running buffer effects. Biotechniques 12:574-579.
3. (Inggris) Basim E. 2001. Pulsed-Field Gel Electrophoresis (PFGE) Technique and its use in Molecular Biology. Turk J Biol 25:405-418.
4. (Inggris) Correia A, Martin JF, Castro JM. Pulsed-field gel electrophoresis analysis of the genome of amino acid producing Corynebacteria: Chromosome sizes and diversity of restriction patterns. Microbiol 140:2841-2847.
5. (Inggris) Churin YN, Shalak IN, Borner T, Shestakov SV. 1995. Physical and genetic map of the chromosome of the unicellular Cyanobacterium Synechocystis sp. strain PCC 6803. J Bacteriol 177: 3337-3343.