Miksobakteri

Miksobakteri ("bakteri lendir") adalah sebuah kelompok bakteri yang umumnya hidup di tanah dan memakan materi organik tak terlarut. Miksobakteri memiliki genom yang besar dibandingkan dengan bakteri lainnya, dengan 9-10 juta nukleotida, kecuali pada Anaeromyxobacter dan Vulgatibacter. Satu spesies dari miksobakteri, Minicystis rosea, memiliki genom bakteri yang paling besar, dengan 16 juta nukleotida. Menyusul di posisi kedua adalah miksobakteri lainnya Sorangium cellulosum.

Myxobacteria
Myxococcales
Myxococcus xanthus
Pewarnaan Gram	Gram-negatif
Taksonomi
Kerajaan	Pseudomonadati
Filum	Pseudomonadota
Kelas	Deltaproteobacteria
Ordo	Myxococcales
Tipe taksonomi	Myxococcus
Tata nama
Sinonim takson	"Myxococcidae" Cavalier-Smith 2020
Familia dan genera
Anaeromyxobacteraceae Kofleriaceae Myxococcaceae Nannocystaceae Polyangiaceae Sandaracinaceae Vulgatibacteraceae
l b s

Miksobakteri bergerak dengan melayang. Mereka umumnya bergerak dengan kawanan, yang terdiri dari banyak sel yang berkumpul bersama dengan sinyal molekul antarsel. Individu mendapat keuntungan dari berkumpul karena memungkinkan akumulasi enzim ekstraseluler yang dapat digunakan untuk mencerna makanan; hal ini dapat meningkatkan efesiensi memakan. Miksobakteri memproduksi zat-zat yang berguna di bidang industri dan biomedis, seperti antibiotik, yang dapat dikeluarkan dari sel.

Miksobakteri juga digunakan untuk mempelajari produksi polisakarida di bakteri gram-negatif seperti model Myxococcus xanthus yang memiliki empat mekanidmr berbeda untuk memproduksi polisakarida, dan memiliki mekanisme Wzx/Wzy baru untuk memproduksi polisakarida baru yang dikenal pada 2020. Selain itu, bakteri jenis ini merupakan model yang baik untuk mempelajari multiselularitas pada dunia bakteri.

Filogeni

LTP_08_2023, didasari oleh 16S rRNA

GTDB 08-RS214, didasari oleh 120 protein penanda

Myxo-   Deferrisomatales Deferrisomataceae   Bradymonadales Bradymonadaceae       Myxococcales   Cystobacterineae   Vulgatibacteraceae       Anaeromyxobacteraceae     Myxococcaceae           Nannocystineae   Kofleriaceae Reichenbach 2007     Nannocystaceae     Sorangiineae Polyangiaceae (incl. Sandaracinaceae)         -coccota

Myxo-   Bradymonadia Bradymonadales   Microvenatoraceae Wang, Chen & Du 2022     Bradymonadaceae Wang et al. 2015       Polyangiia   Haliangiales Haliangiaceae Waite et al. 2020 (incl. Kofleriaceae)   Nannocystales Nannocystaceae Reichenbach 2006       Polyangiales   Sandaracinaceae Mohr et al. 2012     Polyangiaceae Jahn 1924             Myxococcia Myxococcales   Anaeromyxobacteraceae Yamamoto et al. 2014       Vulgatibacteraceae Yamamoto et al. 2014     Myxococcaceae Jahn 1924           -coccota

Referensi

1. Waite DW, Chuvochina M, Pelikan C, Parks DH, Yilmaz P, Wagner M, Loy A, Naganuma T, Nakai R, Whitman WB, Hahn MW, Kuever J, Hugenholtz P. (2020). "Proposal to reclassify the proteobacterial classes Deltaproteobacteria and Oligoflexia, and the phylum Thermodesulfobacteria into four phyla reflecting major functional capabilities". Int J Syst Evol Microbiol. 70 (11): 5972–6016. doi:10.1099/ijsem.0.004213 . PMID 33151140 Periksa nilai |pmid= (bantuan). 
2. Thomas SH, Wagner RD, Arakaki AK, Skolnick J, Kirby JR, Shimkets LJ, Sanford RA, Löffler FE (May 2008). "The mosaic genome of Anaeromyxobacter dehalogenans strain 2CP-C suggests an aerobic common ancestor to the delta-proteobacteria". PLOS ONE. 3 (5): e2103. Bibcode:2008PLoSO...3.2103T. doi:10.1371/journal.pone.0002103 . PMC 2330069 . PMID 18461135. 
3. "Vulgatibacter incomptus strain DSM 27710, complete genome" (dalam bahasa Inggris). 2015-08-19. 
4. Shilpee Pal, Gaurav Sharma & Srikrishna Subramanian (2021-09-13). "Complete genome sequence and identification of polyunsaturated fatty acid biosynthesis genes of the myxobacterium Minicystis rosea DSM 24000T". BMC Genomics (dalam bahasa Inggris). 22 (1): 655. doi:10.1186/s12864-021-07955-x . PMC 8436480  Periksa nilai |pmc= (bantuan). PMID 34511070 Periksa nilai |pmid= (bantuan). 
5. Schneiker S, Perlova O, Kaiser O, Gerth K, Alici A, Altmeyer MO, et al. (November 2007). "Complete genome sequence of the myxobacterium, Sorangium cellulosum". Nat. Biotechnol. 25 (11): 1281–9. doi:10.1038/nbt1354 . PMID 17965706. 
6. Land M, Hauser L, Jun SR, Nookaew I, Leuze MR, Ahn TH, Karpinets T, Lund O, Kora G, Wassenaar T, Poudel S, Ussery DW (March 2015). "Insights from 20 years of bacterial genome sequencing". Funct. Integr. Genomics. 15 (2): 141–61. doi:10.1007/s10142-015-0433-4. PMC 4361730 . PMID 25722247. 
7. Mauriello EM, Mignot T, Yang Z, Zusman DR (June 2010). "Gliding motility revisited: how do the myxobacteria move without flagella?". Microbiol. Mol. Biol. Rev. 74 (2): 229–49. doi:10.1128/MMBR.00043-09. PMC 2884410 . PMID 20508248. 
8. Reichenbach H (September 2001). "Myxobacteria, producers of novel bioactive substances". J. Ind. Microbiol. Biotechnol. 27 (3): 149–56. doi:10.1038/sj.jim.7000025 . PMID 11780785.  Parameter |s2cid= yang tidak diketahui akan diabaikan (bantuan)
9. Islam ST, Vergara Alvarez I, Saïdi F, Guiseppi A, Vinogradov E, Sharma G, et al. (June 2020). "Modulation of bacterial multicellularity via spatio-specific polysaccharide secretion". PLOS Biology. 18 (6): e3000728. doi:10.1371/journal.pbio.3000728 . PMC 7310880 . PMID 32516311. 
10. Islam ST, Vergara Alvarez I, Saïdi F, Guiseppi A, Vinogradov E, Sharma G, et al. (June 2020). "Modulation of bacterial multicellularity via spatio-specific polysaccharide secretion". PLOS Biology. 18 (6): e3000728. doi:10.1371/journal.pbio.3000728 . PMC 7310880 . PMID 32516311. 
11. "The LTP". Diakses tanggal 20 November 2023. 
12. "LTP_all tree in newick format". Diakses tanggal 20 November 2023. 
13. "LTP_08_2023 Release Notes" (PDF). Diakses tanggal 20 November 2023. 
14. "GTDB release 08-RS214". Genome Taxonomy Database. Diakses tanggal 10 May 2023. 
15. "bac120_r214.sp_label". Genome Taxonomy Database. Diakses tanggal 10 May 2023. 
16. "Taxon History". Genome Taxonomy Database. Diakses tanggal 10 May 2023.