Croatia Airlines melayani destinasi sebagai berikut ( Januari 2010):
- Austria
- Belgia
- Bosnia dan Herzegovina
- Kroasia
- Bol - Bandar Udara Bol
- Dubrovnik - Bandar Udara Dubrovnik Kota fokus
- Osijek - Bandar Udara Osijek
- Pula - Bandar Udara Pula
- Split - Bandar Udara Split Kota fokus
- Zadar - Bandar Udara Zadar
- Zagreb - Bandar Udara Zagreb Hub
- Denmark
- Prancis
- Jerman
- Berlin - Bandar Udara Berlin Schönefeld [musiman]
- Düsseldorf - Bandar Udara Düsseldorf
- Frankfurt - Bandar Udara Frankfurt
- Munich - Bandar Udara Franz Josef Strauß
- Stuttgart [musiman]
- Yunani
- Athena - Bandar Udara Internasional Athens Eleftherios Venizelos [musiman]
- Israel
- Tel Aviv - Bandar Udara Internasional Ben Gurion [musiman]
- Italia
- Roma - Bandar Udara Leonardo da Vinci
- Kosovo
- Makedonia
- Skopje - Bandar Udara Skopje
- Montenegro
- Belanda
- Spanyol
- Swiss
- Turki
- Britania Raya