www.wikidata.id-id.nina.az

Protein Data Bank PDB adalah suatu basis data bagi data struktur tiga dimensi dari molekul biologis berukuran besar sepe

Protein Data Bank

Protein Data Bank (PDB) adalah suatu basis data bagi data struktur tiga dimensi dari molekul biologis berukuran besar, seperti protein dan asam nukleat. Data tersebut, biasanya diperoleh dari kristalografi sinar-X, spektroskopi NMR, atau, yang terbaru melalui mikroskopi elektron kriogenik, kemudian diunggah oleh para ahli biologi dan biokimiawan dari seluruh dunia, dapat diakses secara bebas di internet melalui situs web organisasi anggotanya (PDBe, PDBj, dan RCSB). PDB diawasi oleh suatu organisasi yang disebut dengan Worldwide Protein Data Bank, wwPDB.

Protein Data Bank
Konten
Deskripsi
Kontak
Akses
Format dataPDB
Situs web
Perangkat
Lain-lain

PDB merupakan basis data yang sangat penting dalam bidang biologi struktur, seperti genomika struktur. Sebagian besar jurnal ilmiah utama, dan beberapa agensi pendanaan, saat ini mengharuskan ilmuwan untuk menyerahkan data struktur hasil penelitian mereka pada PDB. Banyak basis data lainnya yang menggunakan struktur protein yang tersimpan di PDB. Misalnya, SCOP dan CATH mengelompokkan struktur protein, sementara PDBsum menyediakan ikhtisar grafis dari entri PDB menggunakan informasi dari sumber lain, seperti ontologi gen.

Konten Sunting

Laju penentuan struktur protein berdasarkan metode dan tahun.

Basis data PDB diperbaharui setiap minggunya (Rabu UTC+0). Demikian pula, daftar kepemilikan PDB juga diperbaharui setiap minggu. Hingga 17 Oktober 2018, rincian kepemilikan saat ini adalah sebagai berikut:

Metode
eksperimen 		Protein Asam nukleat Kompleks
Protein/Asam nukleat 		Lainnya Total
Difraksi sinar-X 121935 1963 6289 4 130191
NMR 10872 1260 251 8 12391
Mikroskopi elektron 1810 31 652 0 2493
Hibrid 123 5 2 1 131
Lainnya 244 4 6 13 267
Total: 134984 3263 7200 26 145473

Signifikansi berkas faktor struktur, yang disebutkan di atas, adalah bahwa, untuk struktur PDB yang ditentukan oleh difraksi sinar-X yang memiliki berkas struktur, pemetaan kerapatan elektron dapat dilihat. Data struktur tersebut disimpan di "server kerapatan elektron".

Di masa lalu, jumlah struktur dalam PDB telah tumbuh pada tingkat yang kira-kira eksponensial, melewati 100 struktur yang terdaftar pada tahun 1982, 1.000 pada tahun 1993, 10.000 pada tahun 1999, dan 100.000 pada tahun 2014. Namun, sejak 2007, tingkat akumulasi struktur protein baru tampaknya tidak menunjukkan peningkatan yang signifikan.

Format berkas Sunting

Contoh struktur protein dari PDB (dibuat menggunakan UCSF Chimera)

Format berkas yang digunakan oleh PDB pada mulanya adalah format berkas PDB. Format berkas awal ini dibatasi oleh lebar dibatasi oleh lebar kartu punch komputer hingga 80 karakter per baris. Sekitar tahun 1996, format "Berkas Informasi Kristalografi makromolekul", mmCIF, (bahasa Inggris: "macromolecular Crystallographic Information File") yang merupakan perpanjangan dari format CIF mulai digunakan secara bertahap. Format berkas mmCIF saat ini digunakan sebagai format utama untuk arsip PDB. Versi XML dari format ini, yang dikenal sebagai PDBML, diperkenalkan pada tahun 2005.

Berkas struktur ini dapat diunduh dalam satu diantara ketiga format tadi. Lebih lanjut, berkas individualnya dapat secara mudah diunduh dalam paket grafis melalui situs web:

  • Untuk format berkas PDB, dapat diakses dari http://www.pdb.org/pdb/files/4hhb.pdb.gz atau http://pdbe.org/download/4hhb
  • Untuk berkas PDBML (XML), dapat diakses dari http://www.pdb.org/pdb/files/4hhb.xml.gz atau http://pdbe.org/pdbml/4hhb

"4hhb" merupakan kode pengenal PDB. Setiap struktur yang diterbitkan oleh PDB mendapatkan kode pengenal alfanumerik empat-karakter, disebut sebagai PDB ID. (Pengenal ini tidak dapat digunakan sebagai pengenal biomolekul, karena terkadang beberapa struktur dengan molekul yang sama—dalam lingkungan atau konformasi yang berbeda—dimasukkan dalam PDB dengan PDB ID yang berbeda.)

Lihat pula Sunting

  • Basis data kristalografi
  • Struktur protein
  • Prediksi struktur protein
  • Basis data struktur protein
  • PDBREPORT mendaftar seluruh anomali (dan kesalahan) dalam struktur PDB
  • PDBsum — mengekstrak data struktur PDB dari basis data lain
  • Proteopedia — suatu ensiklopedia 3D kolaboratif mengenai protein dan molekul lain

Referensi Sunting

  1. EMBL-EBI. "PDBe home < Node < EMBL-EBI". www.pdbe.org (dalam bahasa Inggris). 
  2. "Protein Data Bank Japan - PDB Japan - PDBj". www.pdbj.org (dalam bahasa Inggris). 
  3. Bank, RCSB Protein Data. "RCSB PDB: Homepage". www.rcsb.org (dalam bahasa Inggris). 
  4. Berman, H. M. (Januari 2008). "The Protein Data Bank: a historical perspective" (PDF). Acta Crystallographica Section A (dalam bahasa Inggris). A64 (1): 88–95. doi:10.1107/S0108767307035623. PMID 18156675. 
  5. Laskowski RA, Hutchinson EG, Michie AD, Wallace AC, Jones ML, Thornton JM (Desember 1997). "PDBsum: a Web-based database of summaries and analyses of all PDB structures". Trends Biochem. Sci. (dalam bahasa Inggris). 22 (12): 488–90. doi:10.1016/S0968-0004(97)01140-7. PMID 9433130. 
  6. (dalam bahasa Inggris). RCSB. Diarsipkan dari versi asli tanggal 2007-07-04. Diakses tanggal 2019-02-09. 
  7. (dalam bahasa Inggris). Uppsala University. Diarsipkan dari versi asli tanggal 2021-03-21. Diakses tanggal 6 April 2013. 
  8. Kleywegt GJ, Harris MR, Zou JY, Taylor TC, Wählby A, Jones TA (Desember 2004). "The Uppsala Electron-Density Server". Acta Crystallogr. D (dalam bahasa Inggris). 60 (Pt 12 Pt 1): 2240–2249. doi:10.1107/S0907444904013253. PMID 15572777. 
  9. Anon (2014). "Hard data: It has been no small feat for the Protein Data Bank to stay relevant for 100,000 structures". Nature (dalam bahasa Inggris). 509 (7500): 260. doi:10.1038/509260a. PMID 24834514. 
  10. (dalam bahasa Inggris). RCSB PDB. Diarsipkan dari versi asli tanggal 2007-04-28. Diakses tanggal 6 April 2013. 
  11. wwPDB.org. "wwPDB: 2013 News". wwpdb.org (dalam bahasa Inggris). 
  12. Westbrook J, Ito N, Nakamura H, Henrick K, Berman HM (April 2005). "PDBML: the representation of archival macromolecular structure data in XML" (PDF). Bioinformatics (dalam bahasa Inggris). 21 (7): 988–992. doi:10.1093/bioinformatics/bti082. PMID 15509603. 

Pranala luar Sunting

Wikidata memiliki sebuah properti, P638, untuk Protein Data Bank (lihat penggunaan)
wikipedia, wiki, buku, buku, perpustakaan, artikel, baca, unduh, gratis, unduh gratis, mp3, video, mp4, 3gp, jpg, jpeg, gif, png, gambar, musik, lagu, film, buku, permainan, permainan.
Tanggal penerbitan:
Protein Data Bank PDB adalah suatu basis data bagi data struktur tiga dimensi dari molekul biologis berukuran besar seperti protein dan asam nukleat Data tersebut biasanya diperoleh dari kristalografi sinar X spektroskopi NMR atau yang terbaru melalui mikroskopi elektron kriogenik kemudian diunggah oleh para ahli biologi dan biokimiawan dari seluruh dunia dapat diakses secara bebas di internet melalui situs web organisasi anggotanya PDBe 1 PDBj 2 dan RCSB 3 PDB diawasi oleh suatu organisasi yang disebut dengan Worldwide Protein Data Bank wwPDB Protein Data BankKontenDeskripsiStruktur proteinKristalografi sinar XPenentuan struktur NMRKontakAksesFormat dataPDBSitus webwww wbr wwpdb wbr org www wbr pdbe wbr org www wbr rcsb wbr org wbr pdb www wbr pdbj wbr orgPerangkatLain lainPDB merupakan basis data yang sangat penting dalam bidang biologi struktur seperti genomika struktur Sebagian besar jurnal ilmiah utama dan beberapa agensi pendanaan saat ini mengharuskan ilmuwan untuk menyerahkan data struktur hasil penelitian mereka pada PDB Banyak basis data lainnya yang menggunakan struktur protein yang tersimpan di PDB Misalnya SCOP dan CATH mengelompokkan struktur protein sementara PDBsum menyediakan ikhtisar grafis dari entri PDB menggunakan informasi dari sumber lain seperti ontologi gen 4 5 Daftar isi 1 Konten 2 Format berkas 3 Lihat pula 4 Referensi 5 Pranala luarKonten Sunting nbsp Laju penentuan struktur protein berdasarkan metode dan tahun Basis data PDB diperbaharui setiap minggunya Rabu UTC 0 Demikian pula daftar kepemilikan PDB 6 juga diperbaharui setiap minggu Hingga 17 Oktober 2018 update rincian kepemilikan saat ini adalah sebagai berikut Metodeeksperimen Protein Asam nukleat KompleksProtein Asam nukleat Lainnya TotalDifraksi sinar X 121935 1963 6289 4 130191NMR 10872 1260 251 8 12391Mikroskopi elektron 1810 31 652 0 2493Hibrid 123 5 2 1 131Lainnya 244 4 6 13 267Total 134984 3263 7200 26 145473120 052 struktur dalam PDB memiliki berkas faktor struktur 9 734 struktur memiliki berkas pembatas NMR 3 486 struktur dalam PDB memiliki berkas pergeseran kimia 2 531 struktur dalam PDB memiliki berkas pemetaan 3DEM yang tersimpan dalam EM Data Bank dd Signifikansi berkas faktor struktur yang disebutkan di atas adalah bahwa untuk struktur PDB yang ditentukan oleh difraksi sinar X yang memiliki berkas struktur pemetaan kerapatan elektron dapat dilihat Data struktur tersebut disimpan di server kerapatan elektron 7 8 Di masa lalu jumlah struktur dalam PDB telah tumbuh pada tingkat yang kira kira eksponensial melewati 100 struktur yang terdaftar pada tahun 1982 1 000 pada tahun 1993 10 000 pada tahun 1999 dan 100 000 pada tahun 2014 9 10 Namun sejak 2007 tingkat akumulasi struktur protein baru tampaknya tidak menunjukkan peningkatan yang signifikan Format berkas Sunting nbsp Contoh struktur protein dari PDB dibuat menggunakan UCSF Chimera Format berkas yang digunakan oleh PDB pada mulanya adalah format berkas PDB Format berkas awal ini dibatasi oleh lebar dibatasi oleh lebar kartu punch komputer hingga 80 karakter per baris Sekitar tahun 1996 format Berkas Informasi Kristalografi makromolekul mmCIF bahasa Inggris macromolecular Crystallographic Information File yang merupakan perpanjangan dari format CIF mulai digunakan secara bertahap Format berkas mmCIF saat ini digunakan sebagai format utama untuk arsip PDB 11 Versi XML dari format ini yang dikenal sebagai PDBML diperkenalkan pada tahun 2005 12 Berkas struktur ini dapat diunduh dalam satu diantara ketiga format tadi Lebih lanjut berkas individualnya dapat secara mudah diunduh dalam paket grafis melalui situs web Untuk format berkas PDB dapat diakses dari http www pdb org pdb files 4hhb pdb gz atau http pdbe org download 4hhb Untuk berkas PDBML XML dapat diakses dari http www pdb org pdb files 4hhb xml gz atau http pdbe org pdbml 4hhb 4hhb merupakan kode pengenal PDB Setiap struktur yang diterbitkan oleh PDB mendapatkan kode pengenal alfanumerik empat karakter disebut sebagai PDB ID Pengenal ini tidak dapat digunakan sebagai pengenal biomolekul karena terkadang beberapa struktur dengan molekul yang sama dalam lingkungan atau konformasi yang berbeda dimasukkan dalam PDB dengan PDB ID yang berbeda Lihat pula SuntingBasis data kristalografi Struktur protein Prediksi struktur protein Basis data struktur protein PDBREPORT mendaftar seluruh anomali dan kesalahan dalam struktur PDB PDBsum mengekstrak data struktur PDB dari basis data lain Proteopedia suatu ensiklopedia 3D kolaboratif mengenai protein dan molekul lainReferensi Sunting EMBL EBI PDBe home lt Node lt EMBL EBI www pdbe org dalam bahasa Inggris Protein Data Bank Japan PDB Japan PDBj www pdbj org dalam bahasa Inggris Bank RCSB Protein Data RCSB PDB Homepage www rcsb org dalam bahasa Inggris Berman H M Januari 2008 The Protein Data Bank a historical perspective PDF Acta Crystallographica Section A dalam bahasa Inggris A64 1 88 95 doi 10 1107 S0108767307035623 PMID 18156675 Laskowski RA Hutchinson EG Michie AD Wallace AC Jones ML Thornton JM Desember 1997 PDBsum a Web based database of summaries and analyses of all PDB structures Trends Biochem Sci dalam bahasa Inggris 22 12 488 90 doi 10 1016 S0968 0004 97 01140 7 PMID 9433130 PDB Current Holdings Breakdown dalam bahasa Inggris RCSB Diarsipkan dari versi asli tanggal 2007 07 04 Diakses tanggal 2019 02 09 The Uppsala Electron Density Server dalam bahasa Inggris Uppsala University Diarsipkan dari versi asli tanggal 2021 03 21 Diakses tanggal 6 April 2013 Kleywegt GJ Harris MR Zou JY Taylor TC Wahlby A Jones TA Desember 2004 The Uppsala Electron Density Server Acta Crystallogr D dalam bahasa Inggris 60 Pt 12 Pt 1 2240 2249 doi 10 1107 S0907444904013253 PMID 15572777 Anon 2014 Hard data It has been no small feat for the Protein Data Bank to stay relevant for 100 000 structures Nature dalam bahasa Inggris 509 7500 260 doi 10 1038 509260a PMID 24834514 Content Growth Report dalam bahasa Inggris RCSB PDB Diarsipkan dari versi asli tanggal 2007 04 28 Diakses tanggal 6 April 2013 wwPDB org wwPDB 2013 News wwpdb org dalam bahasa Inggris Westbrook J Ito N Nakamura H Henrick K Berman HM April 2005 PDBML the representation of archival macromolecular structure data in XML PDF Bioinformatics dalam bahasa Inggris 21 7 988 992 doi 10 1093 bioinformatics bti082 PMID 15509603 Pranala luar Sunting nbsp Wikidata memiliki sebuah properti P638 untuk Protein Data Bank lihat penggunaan The Worldwide Protein Data Bank wwPDB situs induk host regional di bawah RCSB Protein Data Bank USA PDBe Eropa PDBj Jepang BMRB Biological Magnetic Resonance Data Bank USA wwPDB Documentation dokumentasi baik format berkas PDB maupun PDBML Looking at Structures Diarsipkan 2011 03 24 di Wayback Machine Pendahuluan kristalografi dari RCSB PDBsum Home Page Data ekstrak struktur PDB dari basis data lain Nucleic Acid Database NDB situs mirror PDB khususnya untuk pencarian data asam nukleat Pengenalan tutorial PDB yang disponsori oleh PDB Diarsipkan 2014 02 02 di Wayback Machine PDBe Quick Tour di EBI Train OnLine Diperoleh dari https id wikipedia org w index php title Protein Data Bank amp oldid 18395939