Pemetaan genetik (bahasa Inggris: genetic mapping) merupakan suatu usaha untuk mengetahui lokus atau posisi suatu gen/penanda genetik secara relatif terhadap gen-gen atau penanda genetik lainnya. Hasil yang diperoleh adalah suatu urutan posisi sejumlah lokus pada suatu kelompok pautan (linkage group). Kelompok pautan dapat dianggap sebagai bagian dari suatu kromosom.
Pemetaan genetik merupakan tahapan yang penting dalam genomika. Perbandingan genom pada berbagai jenis organisme dapat dilakukan dan hasilnya dapat dimanfaatkan dalam bidang forensik, pertanian, kedokteran serta antropologi.
Terdapat dua cara melakukan pemetaan genetik, yaitu: pemetaan pautan dan pemetaan fisik.