Kereta Rel Listrik (KRL) Bojonggede Ekspres adalah KRL yang hanya jalan dua kali pada pagi hari yaitu dari Bojong Gede - Jakarta Kota. pada jam 06.05 dan 08.03 WIB. dan untuk sore hari berjalan tiga kali. Bojonggede - Tanahabang jam 17.40 WIB, Bojonggede - Jakartakota jam 17.55 WIB, dan Bojonggede - Manggarai jam 19.30 WIB. Di pertengahan tahun 2011, KRL Ekspres ini dihapuskan dan menjadi KRL Commuter Line (KRL AC) Bojonggede - Jakartakota dengan pemberangkatan dari Stasiun Bojonggede jam 06.10 WIB pada pagi hari dan jam 18.10 WIB pada sore hari. Dan pada April 2013 jadwal KRL ini diperkecil menjadi 1 kali pemberangkatan pada jam 06.07 WIB. Dengan menggunakan rangkaian yang di datangkan dari Depo KRL Depok.