Berikut adalah Daftar perguruan tinggi swasta di Papua, yang pembinaannya berada di bawah Kementerian Pendidikan dan Kebudayaan Republik Indonesia dan Perguruan Tinggi Swasta Keagamaan, yang pembinaannya berada di bawah Kementerian Agama. Daftar ini tidak termasuk Perguruan Tinggi Kedinasan yang pembinaannya berada dibawah masing-masing kementerian/lembaga.
Universitas sunting
- Universitas Internasional Papua, Jayapura
- Universitas Ottow Geissler, Jayapura
- Universitas Sains Dan Teknologi Jayapura, Jayapura
- Universitas Yapis Papua, Jayapura
Institut sunting
- Institut Ilmu Sosial dan Ilmu Politik Yapis Biak, Biak Numfor
- Institut Teknologi dan Bisnis Karya Pembangunan Papua, Jayapura
Sekolah Tinggi sunting
- Sekolah Tinggi Agama Kristen Oikumene Noseni Biak, Biak, Biak Numfor
- Sekolah Tinggi Bio Sains Swadiri, Kota Jayapura
- Sekolah Tinggi Filsafat Teologi Fajar Timur, Jayapura
- Sekolah Tinggi Filsafat Teologi GKI Izaak Samuel Kijne Jayapura, Kota Jayapura
- Sekolah Tinggi Ilmu Ekonomi Ottow Geissler Serui, Kab Kepulauan Yapen
- Sekolah Tinggi Ilmu Ekonomi Port Numbay Jayapura, Kota Jayapura
- Sekolah Tinggi Ilmu Hukum Biak, Kab Biak Numfor
- Sekolah Tinggi Ilmu Hukum Umel Mandiri, Kota Jayapura
- Sekolah Tinggi Ilmu Kesehatan Jayapura, Kab Jayapura
- Sekolah Tinggi Ilmu Pertanian Santo Thomas Aquinas Jayapura, Kab Jayapura
- Sekolah Tinggi Ilmu Sosial dan Ilmu Politik Silas Papare Jayapura, Kota Jayapura
- Sekolah Tinggi Keguruan dan Ilmu Pendidikan Biak, Kab Biak Numfor
- Sekolah Tinggi Keguruan dan Ilmu Pendidikan PGRI Papua, Kab Kepulauan Yapen
- Sekolah Tinggi Manajemen dan Ilmu Komputer Umel Mandiri, Kota Jayapura
- Sekolah Tinggi Manajemen Informatika dan Komputer Sepuluh Nopember, Kota Jayapura
- Sekolah Tinggi Seni Papua, Jayapura
- Sekolah Tinggi Teologi Baptis Papua, Kota Jayapura
- Sekolah Tinggi Teologi Walter Post Jayapura, Sentani
Politeknik sunting
Akademi sunting
- Akademi Keperawatan Rumah Sakit Marthen Indey, Jayapura
- Akademi Pariwisata 45 Jayapura, Jayapura
- Akademi Pariwisata Petrus Kafiar Biak, Biak Numfor
- Akademi Perikanan Kamasan Biak, Biak Numfor
- Akademi Sekretari Dan Manajemen Indonesia Jayapura, Jayapura
- Akademi Teknik Biak, Biak Numfor