Catatan-catatan dari Tiongkok dan Arab menunjukkan bahwa kesultanan Brunei telah ada sejak setidaknya abad VII atau VIII Masehi. Kesultanan awal ini kemudian ditaklukkan oleh Sriwijaya pada awal abad IX dan kemudian menguasai Kalimantan utara dan Filipina. Setelah sriwijaya dikalahkan oleh Majapahit,Brunei berhasil memerdekakan diri dan menjadi negara yang maju.
Kesultanan Brunei mencapai masa kejayaan dari abad XV sampai XVII, ketika daerah kekuasaannya mencapai seluruh pulau Kalimantan dan kepulauan Filipina. Brunei terutama paling kuat dalam masa pemerintahan sultan kelima, Bolkiah (1473-1521), yang terkenal karena perjalanan-perjalanannya di samudera dan menaklukkan Manila; dan pada masa pemerintahan sultan kesembilan, Hassan (1605-1619), yang mengembangkan sistem pengadilan kerajaan, yang unsur-unsurnya masih terdapat sampai hari ini.
Setelah Sultan Hassan, kejayaan Brunei memudar karena perebutan kekuasaan dan juga bertumbuhnya pengaruh kekuasaan kolonial Eropa di daerah itu yang, antara lain, mengacaukan jalur-jalur perdagangan tradisional, menghancurkan dasar ekonomi Brunei dan banyak kesultanan Asia Tenggara lainnya. Pada 1839, petualang Inggris James Brooke sampai ke Kalimantan dan menolong Sultan Brunei menumpas sebuah pemberontakan. Sebagai imbalannya, ia menjadi gubernur dan kemudian "Rajah Putih" dari Sarawak di Kalimantan barat laut dan kemudian mengembangkan daerah kekuasaan di bawah pemerintahannya. Brooke tidak pernah mengambil alih kekuasaan di Brunei, walaupun ia mencoba untuk melakukan hal itu. Ia bertanya kepada pemerintah Britania apakah ia boleh mengakui Brunei sebagai miliknya, tetapi ditolak. Walaupun Brunei diperintah dengan kurang baik, ia memiliki perasaan dan identitas nasional, dan karena itu tidak dapat direbut oleh Brooke.
Sementara itu, British North Borneo Company memperluas kekuasaannya di daerah Kalimantan timur laut. Pada 1888, Brunei menjadi negara lindungan pemerintah Britania Raya, dan walaupun tetap memegang otonomi namun di bawah kekuasaan Britania dalam hubungan luar negeri. Pada 1906, Brunei lebih erat lagi dikuasai Britania ketika kekuasaan eksekutif dialihkan kepada seorang Residen yang mengatur semua hal kecuali adat dan agama lokal.
Pada 1959, sebuah undang-undang dasar baru ditulis dan mencanangkan Brunei sebagai negara yang memerintah diri sendiri, walaupun hubungan luar negeri, keamanan dan pertahanan tetap dipegang oleh Britania Raya, sekarang diwakili oleh seorang Komisioner Tinggi. Sebuah usaha pada 1962 untuk memperkenalkan sebuah badan legislatif yang sebagian anggotanya dipilih dan memiliki kekuasaan terbatas dibatalkan setelah partai politik oposisi Partai Rakyat Brunei meluncurkan pemberontakan bersenjata, yang ditaklukkan pemerintah dengan bantuan tentara Britania. Pada akhir 1950-an dan awal 1960-an, pemerintah juga menolak untuk bergabung dengan Sabah dan Sarawak di negara Malaysia yang baru terbentuk. Sultan Brunei kemudian memutuskan bahwa Brunei akan menjadi negara yang terpisah.
Pada 1967, Omar Ali Saifuddin turun tahta untuk anak laki-lakinya yang kedua, Hassanal Bolkiah, yang menjadi penguasa ke-29. Sang mantan sultan tetap menjadi menteri pertahanan dan mengambil gelar Seri Begawan. Pada 1970, ibu kota Brunei Town diganti namanya menjadi Bandar Seri Begawan untuk menghormatinya. Seri Begawan wafat pada 1986.
Pada 4 Januari 1979, Brunei dan Britania Raya menandatangani sebuah perjanjian persahabatan dan kerjasama baru. Pada 1 Januari 1984, Brunei Darussalam menjadi negara merdeka.