Markus Waran (lahir 31 Mei 1976) adalah seorang politisi Indonesia kelahiran Oransbari. Ia menempuh pendidikan di SMA YPK Oikumene Manokwari dan kemudian melanjutkan kuliah sarjana di Universitas Sunan Giri Surabaya. Ia menempuh kuliah pasca sarjana (S2) di Universitas Papua (Unipa).
Ia mengawali karir pegawai negeri sipil (PNS) sebagai Pjs Kasi di Dinas PU Manokwari hingga memegang jabatan sebagai Kepala Bidang Cipta Karya Dinas PU Provinsi Papua Barat. Ia kemudian maju sebagai calon bupati Manokwari Selatan dan terpilih pada periode 2016-2021. Pada pemilihan umum Bupati Manokwari Selatan 2020, ia kembali maju dan terpilih untuk periode 2021-2025 dengan wakil Wempie Welly Rengkung. Dalam pemilu tersebut, ia diusung PDIP, Golkar, Nasdem, Perindo, Hanura dan PKPI. Ia menang sebagai calon tunggal melawan kotak kosong.
Markus Waran menikah dengan Sri Lestari dan dikaruniai 4 anak.