Jan Huyghen (atau Huijgen) van Linschoten (lahir di Haarlem, Belanda, 1563 - meninggal di Enkhuizen, 8 Februari 1611) adalah penjelajah, pedagang, penulis, dan sejarawan Belanda beragama Evangelikalisme.
Nama van Linschoten dikenal terutama dari dua tulisan perjalanannya yang dianggap sebagai kunci bagi ekspedisi Cornelis de Houtman ke Nusantara. Van Linschoten menyalin peta pelayaran milik Portugis yang sangat dirahasiakan, sehingga membuka jalan bagi penjelajah Inggris dan Belanda ke Kepulauan Rempah-rempah (Maluku/Nusantara). Akibatnya, pada abad ke-17 dominasi Portugis (berpangkalan di Malaka dan menguasai perdagangan di Maluku) di Nusantara melemah dan berdirilah kongsi dagang VOC (milik Belanda) di Batavia dan EIC (milik Inggris) di Bombay, India.