Inkuisitor Agung (bahasa Latin: Inquisitor Generalis, secara harfiah berarti Inquisitor General atau General Inquisitor) adalah pejabat utama dari Inkuisisi. Gelar ini biasanya mengacu pada kepala penyelidik dari Inkuisisi Spanyol, bahkan setelah penyatuan kembali inkuisisi. Sekretaris jenderal Inkuisisi Romawi sering disebut sebagai "Penyelidik Agung", tetapi peran dan fungsinya berbeda.
Inkuisisi Portugis dipimpin oleh Penyelidik Agung, atau Penyelidik Umum, yang ditunjuk oleh Paus tetapi dipilih oleh raja, selalu dari dalam keluarga kerajaan.
Inkuisitor Jenderal yang paling terkenal adalah Dominika Tomás de Torquemada Spanyol, yang memelopori Inkuisisi Spanyol.