Edmund Rüdiger Stoiber (lahir 28 September 1941) adalah seorang politikus Jerman, menjabat sebagai Ministerpräsident di negara bagian Bayern dan ketua CSU (1999-2007).
Sejak 29 September 2007 jabatannya sebagai ketua CSU digantikan oleh Erwin Huber. Pada hari berikutnya ia mengundurkan diri dari jabatan sebagai Ministerpräsident negara bagian Bayern. Ia digantikan oleh Günther Beckstein yang mulai menjabat sejak 9 Oktober 2007. Kedua penggantinya ini adalah orang-orang dekat Stoiber.