Daftar Rektor Universitas Islam Indonesia adalah sebagai berikut:
| Rektor Universitas Islam Indonesia | |
|---|---|
Petahana Prof. Fathul Wahid, S.T., M.Sc., Ph.D. sejak 2018 | |
| Menjabat selama | 4 tahun |
| Pemegang pertama | Prof. K.H. Abdul Kahar Muzakkir |
| Dibentuk | 1945 |
| Situs web | uii |
| No. | Foto | Nama | Dari | Sampai | Keterangan |
| 1. | Prof. KH. Abdul Kahar Muzakkir | 1945 | 1948 | ||
| 1948 | 1960 | ||||
| 2. | Prof. Mr. RHA. Kasmat Bahuwinangun | 1960 | 1963 | ||
| 3. | Prof. Dr. Sardjito | 1963 | 1970 | ||
| 4. | H. GBPH Prabuningrat | 1970 | 1973 | Presidium Rektor | |
| 1973 | 1982 | ||||
| 5. | Prof. Dr. Ace Partadiredja | 1982 | 1989 | ||
| Prof. H. Zaini Dahlan, MA | 1989 | 1989 | Presidium Rektor | ||
| 6. | Prof. Dr. H. Zanzawi Soejoeti, M.Sc. | 1990 | 1993 | ||
| 1993 | Januari 1994 | Pjs. Rektor | |||
| 7. | Prof. H. Zaini Dahlan, MA | 1994 | 1998 | ||
| 1998 | 2002 | ||||
| 8. | Dr. Ir. Luthfi Hasan, MS. | 2002 | 2006 | ||
| 9. | Berkas:Edy Suandi Hamid.jpg | Prof. Dr. Drs. Edy Suandi Hamid, M.Ec. | 2006 | 2010 | |
| 2010 | 2014 | ||||
| 10. | Dr. Ir. Harsoyo, MS. | 2014 | 2017 | ||
| 11. | Dr-Ing. Ir. Ilya Fadjar Maharika, MA, IAI | 2017 | 2017 | Plt. Rektor | |
| 12. | Nandang Sutrisno, SH., LL.M., M.Hum., Ph.D. | 2017 | 2018 | ||
| 13. | Prof. Fathul Wahid, S.T., M.Sc., Ph.D. | 2018 | 2022 |