Daftar Rektor UIN Syarif Hidayatullah Jakarta adalah sebagai berikut:
| Rektor Universitas Islam Negeri Syarif Hidayatullah Jakarta | |
|---|---|
| Menjabat selama | 4 Tahun |
| Pemegang pertama | Prof. Dr. H. Mahmoed Joenoes |
| No. | Rektor | Mulai Menjabat | Akhir Menjabat | Keterangan | |
|---|---|---|---|---|---|
| 1 | Prof. Dr. H. Mahmoed Joenoes | 1 Juni 1957 | 1960 | Dekan ADIA (Akademi Dinas Ilmu Agama) Jakarta | |
| 2 | Prof. Mr. Sunario Sastrowardoyo | 1960 | 1963 | Rektor IAIN Al-Jami'ah Al-Islamiyah Al-Hukumiyah | |
| 3 | Prof. Drs. H. Soenardjo Abu Ngusman | 1963 | 1969 | Rektor IAIN Syarif Hidayatullah Jakarta | |
| 4 | Prof. Dr. H. Bustami Abdul Gani | 1969 | 1970 | Presidium IAIN Syarif Hidayatullah Jakarta | |
| 5 | Prof. H. M. Toha Yahya Omar MA | 1970 | 1973 | Rektor IAIN Syarif Hidayatullah Jakarta | |
| 6 | Prof. Dr. Harun Nasution | 1973 | 1984 | - | |
| 7 | Drs. H. Ahmad Syadali MA | 1984 | 1992 | - | |
| 8 | Prof. Dr. H. M. Quraish Shihab MA | 1992 | 1998 | - | |
| 9 | Prof. Dr. H. Ahmad Sukardja SH, MA | April 1998 | September 1998 | Pejabat Rektor IAIN Syarif Hidayatullah Jakarta | |
| 10 | Prof. Dr. Azyumardi Azra MA | 1998 | 2002 | Rektor IAIN Syarif Hidayatullah Jakarta | |
| 2002 | 2006 | Rektor UIN Syarif Hidayatullah Jakarta | |||
| 11 | Prof. Dr. Komaruddin Hidayat | 2006 | 2010 | - | |
| 2010 | 2015 | - | |||
| 12 | Prof. Dr. Dede Rosyada MA | 2015 | 2019 | - | |
| 13 | Prof. Dr. Hj. Amany Burhanuddin Umar Lubis Lc, MA | Januari 2019 | 1 Maret 2023 | - | |
| 14 | Prof. Asep Saepudin Jahar MA, PhD | 1 Maret 2023 | Petahana | - |