Berikut merupakan Daftar Bupati Bobonaro dari masa ke masa.
| No | Foto | Nama | Mulai jabatan | Akhir jabatan | Keterangan |
|---|---|---|---|---|---|
| 1 | Joao da Silva Tavares | 1976 | 1989 | Bupati Kepala Daerah Tk.II Bobonaro | |
| 2 | Mariano Lopes da Cruz | 1989 | 1992 | Bupati Bobonaro | |
| 3 | Guilherme dos Santos | 1992 | 1999 | Bupati Bobonaro |