Berikut merupakan Daftar Bupati Ainaro dari masa ke masa.
| No | Foto | Nama | Mulai jabatan | Akhir jabatan | Keterangan |
|---|---|---|---|---|---|
| 1 | Moises da Silva Barros | 1976 | 1984 | Bupati Kepala Daerah Tk.II Ainaro | |
| 2 | Letkol H. Hutagalung | 1984 | 1994 | Bupati Kepala Daerah Tk.II Ainaro | |
| 3 | José AB dos Reis Araújo | 1994 | 1999 | Bupati Ainaro | |
| 4 | Norberto de Araújo | 1999 | Bupati Ainaro | ||
| 5 | Evaristo D. Sarmento | 1999 | Bupati Ainaro |